Gdzieś głęboko w czeluściach zamrożonej Arktyki naukowiec Victor Fries (znany też jako Mr. Freeze) znalazł miejsce, które może uważać za swój nowy dom i gdzie może żyć jak normalny człowiek. Fries pracuje nad lekarstwem dla przebywającej tam razem z nim jego ukochanej żony Nory, cierpiącej na nieuleczalną jak dotąd chorobę. Przypadek sprawia, że dokładnie w dzień piętnastej rocznicy poznania obojga małżonków wojskowa łódź podwodna z ekspedycją naukową na pokładzie przebija się przez lodowe dno jaskini Friesa i rozbija komorę kriogenetyczną, w której hibernowana była Nora. Wściekły, a zarazem przerażony Victor, w akcie zemsty zamraża całą załogę skazując ją na zawsze na bezduszny chłód lodowatej krainy. Dwa tygodnie później, już jako Mr. Freeze Victor powraca do Gotham City i zwraca się do swojego byłego kolegi doktora Gregory'ego Belsona, aby ten pomógł mu ocalić życie żony. Okazuje się bowiem że, Norze pozostało niewiele czasu, a jedyną rzeczą, która może jej pomóc jest transplantacja organów. Jednak aby tego dokonać potrzebny jest dawca o tym samym, niezwykle rzadkim typie krwi i podobnych warunkach fizycznych. A ponieważ bazy danych orqanów od nieżyjący dawców świecą pustkami, Fries jest gotów zapłacić najwyższą cenę.
Wybór pada na Barbarę Gordon (alias Batgirl), której ostatnimi czasy związek z Dickiem Graysonem zaczyna przeobrażać się w coś znacznie poważniejszego. Podczas ich wspólnej randki Freeze uprowadza córkę komisarza policji i nawet Dick, mimo usilnych starań, nie jest w stanie mu w tym przeszkodzić. Kiedy Batman i Robin próbują wyjaśnić tajemnicze uprowadzenie Barbary z przerażeniem odkrywają, że jest ona częścią oziębłego planu Victora, który nie cofnie się przed niczym i nikim aby uratować życie umierającej żony. Z każdą minutą pozostaje coraz mniej czasu, a dwaj zamaskowani bohaterowie muszą jak najszybciej odnaleźć przemarzniętego do szpiku kości, najbardziej lodowatego złoczyńcę w Gotham City i przeszkodzić mu w jego nikczemnych zamiarach.
Mrożący krew w żyłach chłód znowu przeszył Gotham City. Batman & Mr. Freeze: SubZero to dynamiczna, trzymająca w napięciu opowieść, której atutem jest utrzymana na wysokim poziomie animacja. To drugi po Mak of the Phantasm film animowany oparty na serialu Batman: The Animated Series i jak do tej pory ostatni. Obraz nie jest żadną kontynuacją a jedynie luźną opowieścią, która powstała prawdopodobnie pod wpływem pojawienia się kilka miesięcy wcześniej w kinach fabularnego Batmana i Robina Joela Schumachera, gdzie jednym z głównych bohaterów był również Mr. Freeze. Batman & Mr. Freeze: SubZero skierowany został bezpośrednio na rynek video.
Film jest też znany pod innymi tytułami: Batman Animated Movie II: The Iceman's Cometh (tytuł roboczy) oraz Subzero.
