W przypadku tego filmu animowanego o Batmanie, najpierw stworzono animację, a potem nagrywano dialogi. Aktorzy musieli dopasowywać swoje głosy do tego, co widzieli na ekranie.

Początkowo producenci długo zastanawiali się, kto mógłby pojawić się jako złoczńca w ostatnim segmencie. Powodem dla którego wybrano Deadshota (zasugerował go Alan Burnett), było ukazanie wyrazistego kontrastu między nim a Batmanem. Podczas gdy Mroczny Rycerz przyrzeka nigdy nie posługiwać się bronią palną, Deadshot czerpie przyjemność z jej używania. Ze względu m.in. na ten fakt w serialu telewizyjnym nigdy nie można było wykorzystać tej postaci.

Producenci animacji chcieli zatrudnienić do projektu aktorów z fabularnego filmu Christophera Nolana. Nie udało się, ponieważ animacja powstawała równolegle z realizacją The Dark Knight, co nie pozwoliło pogodzić obu harmonogramów, a po zakończeniu zdjęć wszyscy porozjeżdżali się po różnych kontynentach, żeby pracować nad swoimi nowymi projektami.

To właśnie sukces Animatrixa podsunął pomysł zastosowania podobnego zabiegu przy okazji premiery The Dark Knight.

Reżyser Toshiyuki Kubooka chciał, żeby sceny retrospekcji w segmencie Working Through the Pain działy się w Japoni. Producencji filmu zadecydowali jednak, że dla ukazania różnorakości treningu Bruce'a Wayne'a będą to Indie. Zanim Brian Azzarello zebrał się do pisania scenariusza odszukał w internecie sporo informacji na temat Indi i metod kontroli bólu.

Swoją strukturą Batman: Gotham Knight przypomina komiks Batman: Black & White, w którym także przedstawiono różne historie o Batmanie. Podobnie jak w filmie, każda z nich była narysowana przez innego artystę.

W opozycji do finalnego dzieła, Bruce Timm wolał osobiście, ażeby każdy z sześciu segmentów był odrębną opowieścią.

Pierwotnie głos młodszemu wiekiem Bruce'owi Wayne'owi miał podkładać oddzielny aktor. Andrea Romano, kierowniczka obsady, przekonała jednak producentów, aby ci powierzyli to Kevinowi Conroy'owi. W efekcie postanowiono wykorzystać właśnie jego głos.