Informacje o zuchwałej kradzieży w Gotham City Alchemical Bank and Trust Company dokonanej przez niewidzialnych rabusi szybko docierają do komisarza Gordona. Jednak tym razem policja nie jest wstanie zadzwonić do Batmana, bo zostają powstrzymani przez niewidzialnych dr Cassandre i jej męża Cabale. Łotrzyca informuje natomiast Batmana, że nie warto by podejmował jakiekolwiek próby jej powstrzymania, bo nie ma żadnych szans.

Kiedy sytuacja w biurze komisarza policji zostaje opanowana Dynamic Duo wraz z Barbarą udają się do biblioteki by przejrzeć stare księgi na temat alchemików. Dzięki temu Batman dowiaduje się, że dr Cassandra naprawdę nazywa się Cassandis Spellcraft.

W międzyczasie dr Cassandra i Cabala wracają do swojej kryjówki, gdzie po połknięciu Anti-Antidote Pill znowu stają się widzialni. Jednak mimo, że zrabowali już sporo pieniędzy, to Cassandra chce więcej i jej kolejnym celem ma być słynny diament Mope od Spiffanyego. O swoim planie informuje też komisarza Gordona, bo chce za jednym zamachem pozbyć się Dynamic Trio wykorzystując Alvino Ray Gun. Jej nowa broń okazuje się niezwykle skuteczna i bohaterowie zostają spłaszczeni do 2D, a łotrzyca bez problemów zabiera słynny diament. Cabala dostarcza zaś spłaszczonych bohaterów do biura komisarza policji.

Nie wiedząc co zrobić z bohaterami pozbawionymi 3. wymiaru po sugestii O'Hary policjanci decydują się skorzystać z bat-telefonu, by o wszystkim poinformować tajemniczą osobę, która odbiera telefony do Batmana. Zszokowany, po usłyszeniu wieści od Gordona, Alfred prosi o dostarczenie bohaterów na pocztę.

Wykorzystując swoje Camouflage Pill dr Cassandra i Cabala bez problemów dostają się do więzienia, gdzie po sterroryzowaniu naczelnika Crichtona, łotrzyca wypuszcza na wolność szóstkę najbardziej niebezpiecznych złoczyńców: Jokera, Pingwina, Riddlera, Catwoman, King Tuta i Eggheada!

Po odebraniu spłaszczonych bohaterów Alfred zabiera ich do jaskini, gdzie w Three-Dimensional Bat-Restorer przywraca ich do normalnego stanu, nie zapomina także by za pomocą zdalnego sterowania sprowadzić Batmobil do jaskini. Po odzyskaniu trzeciego wymiaru Batman za pomocą The Special Escaped Arch-criminal Batlocater w Batkomputerze, który powinna mieć każda osoba walcząca ze zbrodnią, ustala lokalizację kryjówki dr Cassandry.

Kiedy w piwnicy pod Mortar And Pestle Building na Abracadabra Lane dr Cassandra przedstawia złoczyńcom swój plan jak rzucić Gotham na kolana na miejscu zjawia się Dynamic Trio. Niestety ich przeciwnicy zdążyli zażyć kamuflujące pigułki, przez co są dla nich kompletnie niewidzialni. Po nie udanych próbach pokonania ich w walce, bohaterowie dochodzą do wniosku, że trzeba wyrównać szanse. Po zgaszeniu oświetlenia nikt już nie ma przewagi i wtedy zwycięstwo odnosi Dynamic Trio.

Później komisarz Gordon i O'Hara udają się do Minerva's Mineral Spa...